消毒就是用物理的、化學的或生物學的方法，殺滅或清除畜禽體表、養殖環境和其他傳播媒介上的病原微生物，消除病原微生物的傳染及發生擴散的危險。因此，消毒是畜禽飼養場預防、控制和撲滅傳染病必不可少的重要手段。
消毒只能殺滅畜禽體表、外界環境中的病原微生物，然而在飼養過程中，畜禽本身有可能不斷向體外排出病原微生物，特別是當有患病動物存在時。同時，環境中的病原微生物也有可能不斷繁殖、入侵，污染飼養環境。所以，消毒要經常化、制度化、規范化、科學化。
消毒方法分為物理消毒法、化學消毒法和生物學消毒法，在實踐中往往根據生產飼養的不同階段、不同部位、不同環節、不同對象、不同目的，二種或幾種方法同時或交替使用，以達到最佳的消毒效果。
物理消毒法主要包括清掃、通風干燥、太陽暴曬、紫外線照射、火焰噴射等，以及必要時的流通蒸氣、高壓蒸煮等方法消毒。這種方法不使用任何藥物，因此，不存在藥物污染環境和在畜禽體內外殘留的危害，但其使用范圍、使用對象有一定局限。
化學消毒法就是使用化學藥物制劑對畜體、用具物體、畜禽排泄物、空氣、飲用水等進行浸泡、噴灑、薰蒸等。有可能對環境造成污染或對消毒對象產生腐蝕等不良影響。
生物消毒法常見的是糞便的堆積發酵。這種方法經濟實用，既達到糞便消毒目的，又能提高糞便肥力。
藥物消毒是養殖場廣泛采用的消毒方法。化學藥物制劑消毒使用方便，一般無需特殊設備；適用范圍廣，各種物品、空氣、水體、養殖用具、養殖環境、圈舍、動物機體等均可使用；比較經濟，一次性投資較少；使用方法多樣，可浸泡、擦洗、潑灑、噴霧、薰蒸、灌注以及物理因子協同等。
消毒藥的選用要符合或基本具備以下條件：
1、殺菌性能好、作用迅速、效果確切、殺菌（毒）譜廣；
2、性質穩定，殺菌力不受（或少受）有機物的影響；
3、易溶于水或能做成水乳劑，使用方便，無易燃性和爆炸性；
4、沒有不舒服的氣味 ；
5、對人畜無害、對器具腐蝕性小；
6、價格低廉、容易得到，運輸方便安全；
消毒藥的使用要注意以下影響因素：
（1）不同的病原微生物，對消毒藥的敏感性不同；
（2）環境中的有機物質如糞、尿等，能阻礙消毒藥效力的發揮；
（3）消毒藥的消毒效果，并不是濃度愈高殺菌力越強；
（4）消毒藥的殺菌力與溫度成正比，溫度增高，殺菌力增強；
（5）消毒藥的效力與時間有關，作用時間越長，消毒效果越好。
消除影響消毒工作實施和消毒效果的誤區
1、認為消毒劑越新越好、越貴越好；
2、只關注是否已經消毒，忽略消毒是否合格；
3、認為消毒液濃度越高越好、消毒時間越長越好；
4、未能根據消毒目的、消毒對象、衛生狀況選擇合適的消毒劑；
5、未能根據消毒劑的特點、性狀、作用機理等選用消毒方式；
6、未能采取現代立體消毒方式；
7、忽略消毒藥物對環境帶來的污染；
8、過分依賴于消毒，忽略采取綜合防治措施；
消毒工作實施后實際消毒效果是否理想，這是大家關心的重要問題，現介紹現場簡易測定的幾種方法：
（1）生物學測毒法：在現場留滯相應動物飼養一定時間，觀察是否發病；
（2）噴灑彌散度檢測法：在消毒場所各個角落放置檢測紙，檢測藥品消毒的彌散度；
（3）酸堿度檢測法：酸性消毒藥的PH值不得大于3，堿性消毒藥的PH值不小于13。
根據以上方法可對某種消毒藥劑或某種消毒方法的消毒效果作出相應的判別。
畜禽飼養環境消毒，特別是曾經發生過疫病的畜禽舍及其外環境消毒的好壞直接影響畜禽的健康，建議注意以下操作要求：
無疫情階段：可定期進行預防性消毒，或結合出欄、轉群進行日常消毒。
在周邊有疫情發生時，圈舍、車輛、工具等要加大消毒液濃度（1—2倍）、增加消毒次數（每天1---2次）。
（1）工作人員在消毒清洗之前要穿戴好防護衣物；
（2）首先清理收集圈舍中、場地內散落的污物、糞便、墊料、飼料等，作堆積密封發酵、深埋或焚燒處理。清理、堆積糞便時應先淋水，不得揚起糞塵；
（3）對圈舍內外消毒后再行清理和清掃；裝運場地、站臺、過道，每次裝運前后消毒；
（4）用消毒劑徹底噴灑場地、圈舍和各種用具等，并用水洗刷圈舍、車輛等，收集所產生的污水進行無害化處理。
（5）飼養圈舍的金屬設備，可采取火焰噴射或薰蒸等方式消毒；
（6）飼養圈舍、場地、車輛等,可采用消毒液噴灑的方式消毒。裝卸牲畜前、后，空圈后，用高濃度消毒液消毒1次，維持1～2小時后用清水沖洗干凈，水干后再重復消毒1次；回空車、船，高壓沖洗干凈，先上后下，先里后外噴灑消毒液，到滴水為至；運輸中載畜的車船、存有活畜的場地，噴霧消毒（載體消毒），每天不少于1次；
（7）工作人員用過的防護物品如手套、塑料袋和口罩等應銷毀。可重復使用的物品、工作服，煮沸或用0.05%過氧乙酸或消毒威(按說明書稀釋)浸泡30分鐘以上，再用肥皂水洗滌，在太陽下晾曬確保干凈，干衣服也可進行熏蒸消毒；
（8）工作人員處理好病畜和場地消毒后要洗手、洗澡；
（9）疫點內每天消毒1次連續1周，1周以后每兩天消毒1次；疫區內疫點以外的區域每兩天消毒1次。
下面介紹一個飼養場豬舍消毒模式，家禽養殖場也可參照。
豬舍消毒模式
日程    消毒凈化程序
第1天 騰空、刮凈糞便垃圾、高壓水沖洗，甲醛噴灑消毒
第2天 刮凈再沖洗，用酚類制劑消毒
第3---11 保持設施空閑狀態（也有閑置3—4天）
第12天 徹底清除沖洗，再用酚類藥物消毒
第13天 維持空閑狀態
第14天 進豬
總之，在畜禽飼養全過程，消毒工作是正常生產流程中必不可少的重要工藝，也是發生疫情時，預防、控制、撲滅疫情，盡早恢復生產的必經程序。在消毒工作的實施中，消毒藥物、消毒方法、消毒環節、消毒程序的選擇與控制，是保證消毒效果的關鍵之所在。因此，值得大家引起足夠關注。