目前常用的空間消毒法有紫外線照射和化學氣體熏蒸兩種方法。
1、紫外線消毒法：多用懸吊紫外線燈管(電壓 220V，波長 253．7mm，功率30W)，距離1米處，強度＞70uw／cm2，每立方米空間用量＞115W，照射時間大于30分鐘。室溫宜在20～35C，濕度小于60％。使用過程中、紫外線強度逐漸降低，一般有效期為1000小時，因此，需有消毒效果監測記錄。
2、化學氣體熏蒸法：
①乳酸熏蒸法用 80％乳酸 12ml／m3加 12ml，加熱后所產生的氣體能殺滅空氣中細菌。從加熱后空間要封閉4～6小時。
②福爾馬林(甲醛)熏蒸法用 40％甲醛4ml／m3加水 2ml／m3與高錳酸鉀 2g／m3混合，通過化學反應產生氣體能殺滅空氣中細菌。空間封閉12～24小時。
為了消除空間的塵粒和減少其中細菌數，現在可以用過濾通氣的層流法。將空間建筑成完全或半完全封閉的空間，外界空氣經過濾裝置通向空間內。濾過的空氣所含微粒(包括微生物)可少至每升35個以下。空間換氣為間歇性，每小時20～25次，故稱“層流”。采用這種凈化方法的空間可稱“超凈空間”。由于建設費用較高昂，超凈空間目前尚未普及。